学校法人会計上は、性質に応じて科目処理されます。（例：都道府県補助金収入）また交付決定はあったが、期末までに入金がない場合は未収入金の計上も行う必要があります。

では消費税での処理はどうなるのでしょう？

消費税法上、自由診療は課税取引となります。課税取引に対する補助金（＝特定収入）なので、計算の上では「使途が特定された特定収入」となります。