仕訳はいちおう、以下のようになります。

例：授業料１０００のうち、３００は授業料軽減補助金を受領した。したがって、父母からは７００の授業料入金があった。

（資金収支計算書）
　（支払資金）７００　（授業料収入）７００　
　（支払資金）３００　（補助金収入）３００
（消費収支計算書）
　（現金預金）７００　（授業料）７００
　（現金預金）３００　（補助金）３００

表示上は、補助金は授業料の一部を構成するため
以下のような表示になります

　授業料収入　　　１０００
　授業料軽減補助　△３００

ただし都道府県自治体によっては、これ以外の処理を指示している場合もあります。
とくに補助金の宛名が父母か学校かによって処理が異なるケースが多いようです。

以下、都の監査事務局でなされた指摘です。

都内生就学補助に係る都内在学生徒の算定を適正に行うべきもの局は、私立高等学校への都内生徒の就学促進を図るため、都内在住の１年生の生徒数に応じ、都内生就学補助金を交付することとしており、補助額は保護者（親権者）等の住所により決定されているが、都内在住生徒数を調査したところ、９学校法人において、誤って都外に保護者の住所がある生徒を含め申請したことにより、448万円が過大に交付されている。

学校法人会計上は、性質に応じて科目処理されます。（例：都道府県補助金収入）また交付決定はあったが、期末までに入金がない場合は未収入金の計上も行う必要があります。

では消費税での処理はどうなるのでしょう？

消費税法上、自由診療は課税取引となります。課税取引に対する補助金（＝特定収入）なので、計算の上では「使途が特定された特定収入」となります。